進區：
1.貨物到港后，憑正本提貨單，白卡及相關報關資料到保稅區海關申報進境備案。（申報時經營單位必須是注冊在保稅區內的企業，如貨主非保稅區注冊企業，必須由保稅區企業代理）。
2.保稅區海關放行后，憑蓋有海關放行章的正本提貨單到口岸（海運）或保稅區（空運）的檢驗檢疫機關辦理申報，放行后即可到口岸辦理提貨手續，同時，保稅區海關會在白卡上予以簽注。
3.車輛到港口提取保稅進口貨物，必須在離開港口海關監管區域前必須到口岸海關指定地點辦理海關加封手續。同時承運車輛必須是海關許可的可以承運保稅貨物的車輛。
4.承運車輛到達保稅區卡口，先辦理驗封、驗貨核銷白卡后，方可將貨物運至保稅倉庫，保稅倉庫憑加蓋保稅區海關驗訖章的放行單卸貨進倉，并在保稅區海關系統中輸入貨物進倉信息，等收到海關確認信息后即可。
出口：
1.貨物出口時，憑保稅倉庫簽發的提貨單、配艙回單、白卡和相關資料到保稅區海關辦理出口報關手續（整箱需提供箱號），保稅區海關受理后會制作關封，并將相關信息輸入保稅區電腦系統。
2.保稅倉庫在收到海關出區確認信息后，即可打印保稅貨物出區憑單。貨物出保稅區卡口時，憑出區憑單辦理加封手續，并仍需海關許可的車輛運輸。
3.貨物運抵口岸，口岸海關憑保稅區海關關封辦理驗放手續，并在配艙回單上加蓋放行章，口岸加蓋放行章的配艙回單辦理貨物裝運出口。
進口出區：
1.保稅貨物如在國內銷售，憑保稅倉庫簽發的提貨單及區外經營單位的報關資料辦理進口清關。保稅區海關根據貿易方式的不同，按免稅、征稅的不同方式辦理清關。保稅區海關放行后，保稅倉庫在收到海關確認信息后打印出區憑單，作為貨物出區憑證。
2.貨物出區時，在保稅區卡口辦理驗貨手續后即可出區。

保稅區基本職能方式
基于海關和外匯的特殊管理機制，保稅區形成特殊的圍繞四大基本功能的基本運作形式：
第1種 保稅倉儲等保稅物流運作形式
保稅區內實行"境內關外"的政策，這樣一來在保稅區內形成相當寬松優惠的保稅政策，即貨物從海外進入保稅區不視同進口，只有從保稅區再進口國內時才視同進口，貨物從國內到保稅區視同出口，這樣就形成了以保稅倉儲為核心內容的保稅物流運作形式。
三資加工貿易企業可以利用保稅區的物流功能，從保稅區進口原材料，將半成品或成品出口保稅區，完成加工貿易手冊的核銷工作，將各種轉廠手續變成進出口手續，從而大大提高物流效率節省物流成本，此外可以將出口的產品進行內銷而沒有內銷比例等審批限制。
在中國采購的國際企業可以將采購出口貨物的配送中心設在保稅區，直接對國外市場進行貨物配送，從而解決銷售地高成本配送問題。
銷售中國市場的進口貨物可以先保稅倉儲在保稅區內，再根據實際的銷售數量和形式進行貨物清關工作，一方面可以減少供應鏈維系的資金積壓成本（海關稅金占用流動資金），另一方面可以適應中國企業的不同銷售形式（免稅銷售和完稅銷售）。
第2種 出口加工等加工運作形式
保稅區內的加工貿易企業不實行銀行保證金臺帳、不實行外匯核銷制度，非常有利于企業開展出口加工工作。
保稅區內加工貿易企業使用的進口設備全部實行免稅，不受項目內容限制和投資總額的限制。
第3種 國際貿易等貿易運作形式
中國國內目前還不允許外資獨資成立單純貿易性企業，但在保稅區可以成立并可以取得一般納稅人的權利，擁有人民幣帳戶、可開增值稅發票，實際上已經擁有在國內從事純貿易活動的權利，這是保稅區的國內貿易功能。
目前國內的貿易性公司無法從事轉口貿易，但保稅區內的企業有外幣的現匯帳號，可以從事外幣結算貨物的貿易活動，實際上是擁有了國際轉口貿易的功能。
保稅區內的貿易性企業同時擁有國內貿易和轉口貿易雙重身分的權利，這就構成了保稅區的貿易功能多樣化形式。
第4種 商品保稅展示等展示運作形式
由于保稅區實行的是國際自由貿易區的模式，因此國際商品的保稅展示成為一項重要的保稅區功能運作形式。
從國外運往中國的貨物可以在保稅區內進行商品展示，可以設立相應的展覽場館，安裝模擬使用國際的各種產品，這樣一來非常有利于國際產品銷售到中國，一方面大大降低展覽成本，簡化展覽產品的通關手續，另一方面縮短考察的時間相應減低了國內企業的采購成本。
目前在全國的保稅區內主力展示的商品為保稅汽車和大型工程機械成套設備，由于這些產品國內展示成本非常高，保稅區展示優勢非常突出。